春にはカタクリの花が咲き、その花を求めてギフチョウやヒメギフチョウが舞う。黒岩山はギフチョウ属2種の数少ない混棲地として、また山頂付近に生息するモリアオガエルやクロサンショウウオなどの動物、ササユリ、スミレサイシンなどの貴重な植物があることから、1971年に山全体が国の天然記念物として指定された。