平成12年度の国土交通省（当時、建設省）による「北陸地域の地域づくり戦略」事業に基づく活動の一環として長野・新潟両県の有識者で構成する信越トレッキング委員会（設立当初は「信越エキゾチックトレッキング委員会」）が設立されました。さらに平成13年度には地元関係者を中心に「関田山脈歩くルート設置推進連絡会」が発足し、新潟・長野の県境に位置する関田山脈にトレッキングルートを設置することによる地域連携、活性化に関する調査、研究が行われるようになりました。調査、研究は平成14年度で終了しましたが、3年間の調査、研究の実績として関田山脈のトレッキングルート設置が具体化し、平成15年度には関田山脈のロングトレッキングルート（信越トレイル）を実現すべく信越トレイルクラブが発足しました。
　平成16年度から平成21年度にかけて、信越トレッキング委員会当初からかかわっていた3市町村に、さらに周辺の4市町村や民間団体などが加わり両県16市町村（合併後9市町村）からなる「信越地域観光交流推進協議会」が発足。信越トレイルを核とした“ブナの森”と“歩き”から「信越地域の自然・歴史・文化に触れ、守り・学び・伝える新しい観光のかたち（エコツーリズム）」をテーマに、県・市町村を越えた地域連携と交流を復活させ、信越地域の観光交流空間の形成を実践してきました。

　平成20年9月、信越トレイルの全線開通に伴い、更なる連携体制の強化、信越トレイルの維持管理体制の構築、より一層の利用促進を目的とし、長野・新潟両県において「新潟県信越トレイル利用促進連絡会」、「信越トレイル維持活用推進連絡会（長野県）」が設立されました。平成25年には両連絡会が統合し「信越トレイル連絡会」が設立されました。連絡会は長野、新潟県及び信越トレイル周辺の市町村、観光協会、NPO団体、企業によって構成されており、利用と保全の両面から検討がなされています。
　また平成21年度からは、信越トレイルの持続的な維持管理を推進するため、連絡会による整備担当区域制が導入され、周辺自治体や関係団体が範囲を受け持って、信越トレイルの整備を実施しています。